Djelatnost Laboratorija obuhvaća ispitivanje zdravstvene ispravnosti hrane životinjskog podrijetla i hrane za životinje. Ostatake zabranjenih tvari i farmakološki djelatnih tvari analizira primjenom orijentacijskih kvalitativnih mikrobioloških i kvantitativnih imunoenzimskih metoda (ELISA), odnosno potvrdnih metoda tekućinske kromatografije s masenom detekcijom (LC-MS/MS) i visokoučinkovite tekućinske kromatografije–tandemske spektrometrije masa (UHPLC-MS/MS, UPLC-QTOF/MS). Analize teških metala te esencijalnih elementa, makroelementa i elemenata u tragovima Laboratorij provodi primjenom atomske apsorpcijske spektrometrije (AAS) i induktivno spregnute plazme s masenom spektrometrijom (ICP-MS). Organoklorirani, organofosforni i ostali pesticidi te poliklorirani bifenili analiziraju se primjenom tekućinske i plinske kromatografije s masenom detekcijom (LC-MS/MS, GC-MS/MS).
Ministarstvo poljoprivrede ovlastilo je Laboratorij kao nacionalni referentni laboratorij za područja:
• Rezidue zabranjenih tvari, farmakološki djelatnih tvarii kontaminanata u hrani životinjskog podrijetla i hrani za životinje
• Rezidue pesticida u hrani i hrani za životinje
• Teški metali u hrani i hrani za životinje
