Laboratorij za dijagnostiku moderno je opremljen i akreditiran prema normi HRN EN ISO 17025., slijedom čega su dijagnostički postupci usklađeni s preporukama Svjetske organizacije za zdravlje životinja i drugim međunarodnim standardima. Politikom kvalitete laboratorij je opredijeljen za pružanje pravovremenih i visoko kvalitetnih usluga kupcima te za neprekidna poboljšanja sustava.
Osnovna djelatnost laboratorija je etiološka (izdvajanje uzročnika bolesti iz dijagnostičkog materijala i njegova identifikacija) i serološka dijagnostika (dokazivanje specifičnih protutijela za određene uzročnike bolesti) bakterijskih, virusnih i gljivičnih bolesti životinja. U laboratoriju se molekularnim metodama dokazuje virusna RNA bolesti plavog jezika te provirusna DNA maedi visna virusa. Pored toga, laboratorij obavlja i dijagnostiku nametničkih bolesti primjenom metoda klasične parazitologije i imuno-dijagnostičkih testova (lišmanioza, dirofilarioza, babezioza, gijardioza i kriptosporidioza).
Za potrebe veterinarskih ambulanta male prakse i privatnih posjednika životinja, laboratorij obavlja i dijagnostiku bakterijskih, gljivičnih i nametničkih bolesti kućnih ljubimaca te patološkoanatomske pretrage. Pored navedenog, laboratorij obavlja laboratorijske pretrage mokraće kućnih ljubimaca.
Laboratorij za dijagnostiku odnedavno obuhvaća i djelatnosti pripreme i kontrole mikrobioloških hranjivih podloga i reagensa, nabavku i održavanje referentnih testnih sojeva, predsterilizaciju, pranje i sterilizaciju laboratorijskog pribora i posuđa, uklanjanje biološkog i drugog otpadnog materijala, te pranje i održavanje laboratorijske odjeće, radnih površina, aparata i prostora VZS.
Ministarstvo poljoprivrede, šumarstva i ribarstva imenovalo je Laboratorij nacionalnim referentnim laboratorijem za bolest plavog jezika.
U okviru Naredbe o mjerama zaštite životinja od zaraznih i nametničkih bolesti i njihovom financiranju, laboratorij je od Ministarstva poljoprivrede, šumarstva i ribarstva ovlašten za serološku dijagnostiku bruceloze (B. melitensis, B. abortus, B. suis) i enzootske leukoze goveda. Također, laboratorij obavlja dijagnostiku bjesnoće u domaćih i divljih životinja metodom imunofluorescencije, te bakteriološko izdvajanje i serološku tipizaciju bakterija iz roda Salmonella iz uzoraka primarne peradarske proizvodnje.
