U Laboratoriju za parazitologiju provode se istraživanja i dijagnostika gotovo svih parazita i invazijskih bolesti domaćih i divljih životinja, kućnih ljubimaca, pokusnih životinja te peradi. Dokazivanje i determinacija razvojnih stadija parazita i njihovih odraslih oblika iz organa, tkiva, krvi i fecesa provodi se klasičnim parazitološkim metodama koje se temelje na morfometrijskim osobitostima samih parazita, te molekularnim i serološkim metodama.
Jedna od značajnijih djelatnosti odnosi se na dokazivanje gotovo svih zoonotskih parazita prenosivih hranom i njihovih razvojnih stadija (Trichinella spp., Anisakis spp., Toxoplasma gondii, Echinococcus spp., Taenia spp., Giardia duodenalis i Cryptosporidium spp.). Klasične parazitološke i molekularne metode se koriste za razlikovanje vrsta iz roda Trichinella, potom vrsta iz roda Anisakis te vrsta odnosno genotipova malih trakavica Echinococcus granulosus, E. multilocularis i velikih trakavica Taenia spp.i njihovih razvojnih stadija kao i preostalih protozoja. Molekularno dokazivanje i genska tipizaciju uzročnika bolesti prenosivih vektorima, kao što su Anaplasma phagocytophilum, A. platys, A.marginale, A. bovis, Ehrlichia sp., Babesia sp., Theileria sp. Hepatozoon canis, Borrelia burgdorferi s.l., Leishmania sp., Dirofilaria immitis, D. repens, Bartonella spp., Rickettsia sp. i Mycoplasma spp. iz vektora, krvi i različitih tkiva predstavlja značajnu aktivnost laboratorija. Identifikacija vrsta krpelja, buha, uši i pauši kao i drugi ektoparaziti obahvaćaju značajnu djelatnost Laboratorija. Genska identifikacija se redovito koristi u razlikovanju krpelja i ostalih ektoparazita te mikroorganizama koje prenose. Molekularnim metodama provodi se razlikovanje vrsta, odnosno genskih skupina protozooa probavnog sustava Cryptosporidium sp. i bičaša Giardia duodenalis te posebice u dijagnostici protozojskih invazija tkivnim protozojima (npr. Toxoplasma gondii, Neospora caninum, Besnoitia besnoiti). Serološke metode se primjenjuju u dokazivanju protozoona T. gondii i Babesia gibsoni te za dokazivanje protutijela na B. burgdorferi, Anaplasma spp. i Ehrlichia sp. Neposrednom imunofluorescencijom se dokazuju oociste kriptosporidija i ciste giardija u fecesu životinja. Zaključno, u Laboratoriju za parazitologiju se mogu provesti istraživanja i dokazivanja gotovo svih parazita do razine vrste/izolata primjenom klasičnih i molekularnih metoda.
