Nakon osnivanja Veterinarske eksperimentalne stanice 1933. godine započinje i dijagnostika bakterijskih bolesti. Poslije Drugoga svjetskog rata izdvaja se 1946. godine kao poseban odsjek, Odsjek za zarazne bolesti. Posebni Bakteriološki odsjek osnovan je 1958. godine. Bakteriološki odsjek Epizootiološkog odjela preteča je današnjeg Laboratorija za opću bakteriologiju i mikologiju Hrvatskog veterinarskog instituta. Rutinska se dijagnostika Laboratorija za opću bakteriologiju i mikologiju može podijeliti u tri skupine: etiološku dijagnostiku (izdvajanje uzročnika bolesti iz dijagnostičkog materijala i njegova identifikacija), određivanje osjetljivosti bakterija prema antimikrobnim lijekovima i serološku dijagnostiku (određivanje specifičnih protutijela za određene bolesti).
Danas se u Laboratoriju za opću bakteriologiju i mikologiju provodi dijagnostika velikog broja bakterijskih bolesti s B liste Svjetske organizacije za zdravlje životinja (WOAH). Provode se bakteriološke i mikološke pretrage (uključivši dermatofite) za malu praksu. Identifikacija bakterija i gljivica radi se pomoću suvremenih identifikacijskih sustava (MALDI-TOF) s odgovarajućom softverskom podrškom. Zbog kontrole osjetljivosti bakterija u skladu s preporukama Direktiva EU i EFSA-e godišnje se provodi ispitivanje osjetljivosti bakterija na antimikrobne pripravke (indikatorska E. coli, E. coli koja proizvodi ESBL/AmpC /karbapenemaze, Salmonella spp., Campylobacter jejuni/coli).
