S prvim istraživanjima na području epizootiologije i dijagnostike zaraznih bolesti od samog osnutka Veterinarske eksperimentalne stanice (Hrvatski veterinarski institut), a u okviru Odsjeka za zarazne bolesti spominju se pretrage na brucelozu, tuberkulozu, maleus i durinu. Ime Odjela često se mijenjalo, djelatnost i tehnička opremljenost se nadopunjavala da bi posljednjim ustrojem 2006. godine Odjel preimenovan u Laboratorij za bakterijske zoonoze i molekularnu dijagnostiku bakterijskih bolesti. Ovime postaje jedan od pet laboratorija pripojenih u Odjel za bakteriologiju i parazitologiju, sjedišta Instituta u Zagrebu.
U sustavu dijagnostičkih laboratorija Hrvatskog veterinarskog instituta i njegovih podružnica predstavlja stožerni nacionalni referentni laboratorij u serološkoj, bakteriološkoj i molekularnoj dijagnostici najvažnijih bakterijskih zoonoza (bruceloze i tuberkuloze) u Republici Hrvatskoj. Osim navedenih bolesti, Laboratorij je službeni laboratorij za dijagnostiku leptospiroze, Q groznice, Brucella ovis infekcije, paratuberkuloze, klamidioze preživača, maleusa i pseudomaleusa. Laboratorij provodi i dijagnostiku kazeoznog limfadenitisa u preživača, infekciju vrstom Bartonella henselae te molekularnu dijagnostiku i epidemiološko praćenje svih bakterijskih uzročnika bolesti vezanih uz zdravlje životinja i veterinarsko javno zdravstvo. Dijagnostički i znanstveno-istraživački rad provodi se korištenjem ”state-of-the-art” metoda kojima se osiguravaju najkvalitetniji rezultati u najkraćem vremenskom razdoblju. Laboratorij kontinuirano radi na ponudi novih dijagnostičkih usluga prema zahtjevima klijenata.
